hernqvist120
logo

Viral metagenomik inom veterinärmedicin

en möjlighet för upptäckt av nya virus i såväl friska som sjuka djur

Trots att virus genom alla tider har orsakat sjukdomar hos såväl djur som människor uppskattas det att vi endast känner till en liten procent av alla virus som existerar.

Upptäckten av nya virus försvåras dels av den stora genetiska variation som existerar mellan olika virus, till och med inom samma familj, och av det faktum att det inte finns någon gen som är gemensam för alla virus. Många virus är dessutom svåra, om ens möjliga, att odla i cellkultur. Dessa fakta gör att traditionella (ex. virusisolering) och även nyare molekylärbiologiska (ex. qPCR) metoder ofta misslyckas med att upptäcka tidigare okända virus.

Genom viral metagenomik kan dessa hinder för upptäckt och karakterisering av nya virus kringgås då denna metodologi varken kräver odling av viruset eller någon förkunskap om vilket/vilka virus som finns i provmaterialet. Viral metagenomik bygger på att man med en kombination av molekylärabiologiska metoder och bioinformatik identifierar all viral nukleinsyra som finns i ett prov må det vara från ett RNA eller DNA virus eller från en kombination av flera olika virus. Denna avhandling belyser flera viktiga användningsområden för viral metagenomik inom veterinärmedicin.

Många sjukdomar kan vara av en multifaktoriell natur där flera virus (alt andra patogener) verkar tillsammans för att skapa den kompletta sjukdomsbilden. Genom att i den första studien studera den komplexa grissjukdomen PMWS visas att det är möjligt att med denna typ av teknologi hitta virus som finns i bakgrunden av en känd virusinfektion. Ett av de virus som sågs samexistera med det sedan tidigare kända viruset (PCV-2) var ett bocavirus tillhörande parvovirus familjen. Detta var därmed även den första beskrivningen av förekomsten av bocavirus hos gris.

Även en neurologisk sjukdom (Shaking mink syndrome) hos mink studerades, där traditionella metoder hade misslyckats med att finna ett agens i koppling till denna sjukdom. Experimentella infektionsförsök hade dock visat att sjukdomen var av infektiös art. Med hjälp viral metagenomik hittades ett astrovirus i hjärnan från minkar med detta syndrom och visade därmed på användbarheten av denna typ av teknologi i sjukdomsfall med okänd etiologi.

anne lieblomstrom privat200I den sista studien studerades den virala floran i vektorn Ornithodoros (mjuk fästing), vilka var insamlade i bushpigs nästen i Uganda. Vektorer liksom reservoarer i naturen kan bära på patogener som inte orsakar sjukdom hos sin vektor/reservoar men när denna patogen sprids vidare till exempel till en ny värd såsom människa och/eller till våra husdjur så kan de orsaka sjukdomar hos dessa nya värdar. Vi såg att i dessa fästingar kunde vi hitta både varianter av kända grisvirus liksom ett tillsynes helt nytt RNA virus.

Sammanfattningsvis visar denna avhandling (Applications of Viral Metagenomics in the Veterinary Field - Looking for the Unknown) på hur viral metagenomik kan ge ny kunskap både om den naturliga virala floran hos såväl människor som djur samt hjälpa till att förstå etiologin bakom både nya och äldre sjukdomar. Den kan även användas för att identifiera och karakterisera nya/tidigare okända virus samt visa på nya roller hos tidigare kända virus.

Sällskapets pris 2008-2010: Fil.Dr. Anne-Lie Blomström

Anne-Lie Blomström, pristagare 2010